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Son aquellas que causan enfermedades infecciosas; es decir, que provocan daño en el hospedero. Generalmente, las bacterias patógenas son específicas, ya que un tipo de bacteria origina un tipo de enfermedad.
Se oponen a las bacterias llamadas saprófitas que están presentes en los organismos vivos y que se alimentan de materia orgánica muerta sin que el organismo desarrolle mecanismos de defensa contra ellas.
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