Edad y tipo del sistema en acuaponía

Los sustratos cumplen la importante función, de albergar las bacterias nitrificantes que participan en la transformación de los compuestos amoniacales (producto de los desechos de los peces y residuos del alimento), en elementos más disponibles para las plantas como el nitrato actuando como biofiltros.
Los mejores resultados se han obtenido hasta ahora resultan de la combinación de sustratos de diferentes orígenes, ya que las deficiencias de uno son muchas veces compensadas por el otro.

Para garantizar un sistema de acuaponía sostenible se debe tener una proporción adecuada de peces por planta. Sin embargo para fines prácticos lo importante no es la cantidad de peces que se tenga, sino la cantidad de alimento que ingresa al sistema ya que de este depende la disponibilidad de nutrientes para las plantas.